Због опасности да се црква уруши,тадашње власти одлучиле су да се црква сруши до темеља и на њено место сагради нова што је учињено већ следеће 1865. године (писани извештај архимандрита Јосифа Епископу тимочком Мелентију, еп.архива бр. 1074/ 1900 г.) На темељима старе, започета је изградња нове цркве у месецу мају 1865. а довршена је у августу месецу 1866. године. за време владавине Михаила Обреновића и Владике Герасима Стојковића, а освећена и антиминсом троносана за време владавине Милана Обреновића од незаборавног Епископа Евгенија Симоновића 25. октобра 1869. године,којим је том приликом рекао: ,, Упамтите, ово су свете мошти Пантелејмона, што се данас на овај свети престо запечаћују! ”
На јужном зиду припрате стоји натпис о години изградње цркве и личностима за чије је време црква подигнута:
У славу Божију подиже се црква ова за чест Рождества Богородице на истом месту на коме стајаше стара црква истог празника. Темељ јој би положен године 1865-те при Књазу српском Михаилу М. Обреновићу трећем, са благословом Епископа неготинског Г. Герасима, а године 1869. октомбра 25-га при Књазу српском Милану М. Обреновићу четвртом би довршена и освећена свештенодјејствијем Епископа неготинског Г. Евгенија. Рад овај извршен при братству: Игумана Кирила; намесника Партенија и јеромонаха Јосифа, трошком манастира Суводола и трудом парохијана Селачке, Извора, Новог Хана, Новог Корита и Ошљана.
Унутрашњи изглед нове цркве, иконостас,мобилијар и живопис,потрајали су само до 1886.када су Турци, за време српско-турског рата,унели у храм сламу, посули је гасом и запалили. Остали су само голи зидови. Одмах након тих ратова почиње обнова манастира. Подижу се нови конаци,уређује унутрашњост цркве. Страдања у манастиру,као и у целој тимочкој крајни наставила су се током бугарске окупације од 1915. до 1918. године. Бугари су 1917.године убили 82 свештена и монашка лица, од којих су два била из манастира Суводола. Један од њих звао се је Ђорђе,родом из Старе Србије, из Куманова, а другом се не зна име. Овим је нанета велика духовна штета народу овог краја.